Du grec taxis, signifiant arrangement, ordre et nomos, signifiant la loi, la Taxonomie est la science, les lois et les principes de la classification. Alors que quasiment tout peut être classifié, le module Taxonomie d'EMu est destiné à enregistrer les détails sur le nom scientifique - la classification - des organismes : plantes et animaux.
Devant beaucoup au travail de Carolus Linnaeus (1707-1778), les taxonomies modernes des plantes et animaux sont une approche pratique de la classification et de la dénomination de groupes d'organismes en structures hiérarchiques logiques. Le système Linnéen spécifie sept catégories principales d'organismes :
- Règne
- Phylum en Zoologie ou Division en Botanique
- Classe
- Ordre
- Famille
- Genre
- Espèce
Note: Des sous-divisions à l'intérieur de ces catégories, comme la sous-classe et la superfamille existent également. Dans EMu plus de vingt catégories ou rangs sont disponibles.
La classification implique des similarités d'identification entre les organismes ainsi que la descente évolutionnaire jusqu'à l'identification d'un point d'unicité. Ainsi, de nombreux organismes appartiennent au même règne, un peu moins au même phylum, encore un peu moins à la même classe, etc. Ce qui ressort est une série de relations parent-enfant qui finit en une espèce, un groupe unique d'organismes intimement liés, pouvant se reproduire et générer des descendants.
Les catégories supérieures au Règne (organisme et domaine) sont généralement omises dans les descriptions basiques d'un organisme, et dans la plupart des cas, la mention des catégories inférieures (famille, genre et espèce) suffit à sous-entendre les catégories supérieures. Lors de l'enregistrement d'un nom scientifique dans EMu, des Listes de Consultation sont filtrées et des champs s'auto-complètent en fonction des valeurs sélectionnées dans les autres champs. Par exemple, sélectionner sapiens dans le champ Espèce impliquera l'auto-remplissage des champs Genre et Famille avec Homo et Hominidae respectivement.
Remplissage automatique et filtrage de Liste de consultation
Deux fonctions standard de la Liste de consultation d'EMu méritent d'être mentionnées ici pour l'aide qu'elles apportent en travaillant avec des enregistrements Taxonomie. Deux champs de Liste de consultation ou plus peuvent être associés à une hiérarchie logique dans EMu, où la sélection d'une valeur en implique une autre (une ou plusieurs).
Par exemple, le choix de Homo dans la Liste de consultation No de genre : (Classification) dans l'onglet Classification, complète automatiquement No de famille : (Classification) avec le valeur Hominidae :
Si nous sélectionnons maintenant l'onglet Class. Supér., nous verrons que non seulement ces valeurs ont été complétées, mais d'autres ont également été complétées automatiquement :
Le remplissage automatique fonctionne en filtrant les Listes de consultation en fonction des valeurs saisies ailleurs dans la hiérarchie des Listes de consultation. Dans le cas de Homo dans la Liste de consultation No de genre : (Classification), une seule valeur est possible dans les champs No de famille : (Classification), et elle est remplie automatiquement. Le champ Espèce : (Classification) n'est cependant pas rempli, car il y a plus d'une espèce possible dans la classification Hominidae Homo. Néanmoins, la Liste de consultation Espèces : (Classification) est filtrée pour ne retenir que les valeurs possibles, rendant la sélection de la bonne valeur beaucoup plus simple que la recherche dans une liste conséquente.
Note: Les Listes de Consultation sont conçues au fil de l'entrée des données dans EMu ; elles peuvent être maintenues en utilisant le module Listes de Consultation.
La dénomination d'une espèce est régie par des règles strictes :
- Le nom doit être Latin, unique et binomial (une combinaison des noms du genre et de l'espèce).
- Le nom doit être publié dans un journal scientifique respecté, de préférence international.
- La publication doit inclure une description de la nouvelle espèce.
- La description doit être basée sur un type de spécimen accessible à d'autres scientifiques.
Un enregistrement de Taxonomie d'EMu gère tous ces détails. De plus, différentes règles s'appliquent à la construction d'un nom scientifique d'espèce zoologique et botanique et EMu prendra les entrées de l'utilisateur (genre, espèce, nom d'auteur, citations, date, etc.) et générera le format approprié en fonction de l'ensemble de règles spécifié (ICBN ou ICZN).
Les Codes Internationaux : ICBN and ICZN
Des règles ont été conçues pour la publication, la validation et la documentation des noms scientifiques afin de garantir un nom unique pour chaque taxon. Pour définir des noms taxonomiques d'organismes, deux ensembles primaires de règles ont été appliqués, selon que l'espèce est zoologique ou botanique :
- International Code of Zoological Nomenclature (ICZN)
- International Code of Botanical Nomenclature (ICBN)
Bien qu'il y ait beaucoup de similarités entre les deux, il y a également des différences importantes. Par exemple :
- Selon les règles de l'ICZN, lorsqu'une espèce est combinée avec un genre différent, le nom de l'auteur de cette nouvelle combinaison n'est pas inclus dans le nom scientifique. Cependant, selon les règles de l'ICBN, les auteurs de la combinaison sont inclus. Par exemple :
- Selon l'ICBN, le nom taxonomique Cucamis chysocomus Shumacher, (1827) devient Rhaphiodiocystis chrysocoma (Schumacher) C. Jeffrey (1962).
- Selon l'ICZN, le nom taxonomique Bothynoproctus portai Straneo, 1941 devient Neotalis portai (Straneo, 1941).
- Les tautonymes sont autorisés dans l'ICZN mais pas dans l'ICBN (c’est-à-dire que Bison (Bison) bison bison est un nom disponible selon l'ICZN).
- Dans l'ICZN les niveaux les plus hauts de la hiérarchie de classification sont : Règne>Phylum>Sous-phylum.
- Dans l'ICBN les niveaux les plus hauts de la hiérarchie de classification sont : Règne>Division>Sous-division.
(Référence : Principles of Phylogenetics, Integrative Biology 200A, 9 Mars 2006, University of California, Berkeley)
Ces règles sont encodées dans EMu et il est simple de se conformer à l'une ou l'autre en sélectionnant ICBN ou ICZN dans la liste déroulante Code applicable : (Contrôles) de l'onglet Classification :
Note: L'une ou l'autre des valeurs peut être réglée par défaut pour une organisation, un service, un groupe ou un utilisateur à chaque fois qu'un nouvel enregistrement est ajouté.
Alors que la plupart des différences ne sont pas automatiquement visibles lorsqu'un ensemble de règles est sélectionné, la différence entre les hiérarchies de classification zoologique et botanique est évidente dans l'onglet Classification Supérieure (Class. Supér.) :
- La hiérarchie ICBN est :
- La hiérarchie ICZN est :
Bien que moins évidentes, les différences entre les ensembles de règles sont apparentes lorsque les valeurs sont entrées dans un enregistrement taxonomique, par exemple dans la manière de traiter un auteur entre parenthèses In Taxonomy, the author of a paper that challenges an existing taxon.. Voir Comment enregistrer un Auteur entre parenthèses pour plus de détails.
